Parmi les principaux risques connus, on notera l'exploitation minière du sous-sol marin, les changements climatiques et, surtout, la pêche au chalut de fond.
À l'heure actuelle l'impact écosystémique le plus préoccupant est celui qu'ont les chaluts de fond sur les monts sous-marins et les coraux en eau froide.
Ces filets étaient aussi extrêmement destructifs pour les écosystèmes marins et pouvaient endommager les monts sous-marins, les récifs coralliens et d'autres habitats sous-marins d'importance cruciale.
L'impact des chaluts de fond a été discuté à la cinquième réunion du Processus consultatif officieux, et certains intervenants ont préconisé un moratoire sur leur utilisation en eau profonde.
La Commission de l'organisation des pêches de l'Atlantique du Sud-Est (SEAFO) est également habilitée à réglementer la pêche en eau profonde, mais elle n'est pas encore totalement opérationnelle.
Elle réglemente la capacité de pêche et le chalutage de fond, au moyen d'un régime de sanctions en cas de non-respect des règlements de conservation et de gestion.
Dans les grands fonds marins, le chalutage de fond a détruit les communautés de coraux vitales et totalement épuisé les stocks de poissons visés associés aux monts sous-marins.
C'est pourquoi un groupe d'eurodéputés écologistes vient de proposer à l'UE d'interdire le recours au chalutage de fond dans toutes les zones marines protégées.